但20年前，拉科是西甲冠军，也是欧冠击败豪门的强队。

1999-2000赛季，西甲联赛一片混乱。皇马最终排名积分榜第五，马竞降级。正是在这个赛季，成立于1994年的拉科鲁尼亚队历史上首次夺得西甲冠军。

1999-2000赛季，西甲联赛前五名的球队分别是：

冠军：拉科鲁尼亚，38轮过后，拉科鲁尼亚输掉11场比赛，战绩为21胜6平11负，积69分。

第2名：巴萨，38轮过后，巴萨输掉12场比赛，战绩为19胜7平12负积64分。

第三名：瓦伦西亚，战绩18胜10平10负，积64分。

第四名：萨拉戈萨。 38轮过后，萨拉戈萨只输了7场，但平局却多达15场，战绩为16胜15平7负，积63分。

第5名：皇马，38轮过后，皇马8负14平，战绩16胜14平8负积62分。

荷兰前锋马凯于1999年夏天加盟拉科鲁尼亚，他在1999-2000赛季36场西甲比赛中打进22球，是拉科鲁尼亚最终夺得西甲冠军的绝对功臣。在荷兰国家队，由于博格坎普、克鲁伊维特、范尼斯特鲁伊等超级前锋的存在，麦凯很难成为国家队的主力。然而在拉科鲁尼亚，麦凯彻底爆发了。

从1999-2000年到2003-04年这五个赛季，拉科鲁尼亚从未跌出西甲前三，并开始在欧冠赛场有所作为。这一时期是拉科鲁尼亚最繁荣的阶段：

1999-2000赛季，西甲联赛冠军

2000-01赛季，西甲联赛排名第二，闯入欧冠八强

2001-02赛季，西甲联赛排名第二，并打进欧冠八强。

2002-03赛季，西甲排名第3，进入欧冠第二小组赛（相当于欧冠16强）

2003-04赛季，西甲联赛第3名，闯入欧冠半决赛

由于马德里竞技队在1999-2000西甲赛季结束后降级，西班牙中场球员贝莱隆从马德里竞技队转会至拉科鲁尼亚队。同样在2000年夏天，前锋特里斯坦加盟拉科队。拉科鲁尼亚当时的主帅伊鲁埃塔习惯在首发阵容中安排两名防守型中场和一名攻击型中场。贝莱隆的到来让拉科鲁尼亚有了新的中场核心，他还有麦凯和特里。有了斯坦两大射手，拉科的锋线变得更加犀利。锋线方面，乌拉圭前锋潘迪亚尼也频频表现惊人。

巅峰赛季，拉科在伊鲁埃塔的带领下，成为欧冠赛场的巨人杀手。

2001-02 欧洲冠军联赛

欧冠首轮小组赛，拉科鲁尼亚主客场击败曼联。当时的曼联队拥有范尼、吉格斯、贝克汉姆等球星。最终，拉科鲁尼亚击败曼联，以小组头名晋级小组赛第二阶段。

首轮比赛，拉科队主场2-1击败曼联。斯科尔斯为曼联首开纪录；第86分钟，潘迪亚尼为拉科鲁尼亚扳平比分；第90分钟，摩洛哥中卫奈贝特绝杀曼联。

第二轮，曼联主场2-3不敌拉科鲁尼亚。曼联队的范尼斯特鲁伊梅开二度，拉科鲁尼亚队的西班牙中场塞尔吉奥队梅开二度，特里斯坦队梅开二度。本场比赛曼联门将巴特兹出现两次低级失误。

随后的欧冠小组赛第二阶段，拉科和勒沃库森最终出线，击败同组的阿森纳和尤文图斯，晋级8强。

拉科队主客场与阿森纳交手两次。当时的阿森纳拥有亨利、博格坎普、维埃拉、永贝里、皮雷等球星。

首轮比赛，拉科鲁尼亚主场2-0战胜阿森纳，麦凯和特里斯坦各进一球。

第二轮，拉科鲁尼亚客场2-0击败阿森纳，贝莱隆和后卫奈贝特各进一球。

主客场与尤文图斯的两轮比赛，拉科鲁尼亚1胜1平保持不败。

首轮拉科鲁尼亚客场0-0战平尤文图斯；第二轮，拉科鲁尼亚主场2-0战胜尤文图斯，特里斯坦和德贾米尼亚各进一球。

2002-03 欧洲冠军联赛

欧冠首轮小组赛，拉科队主客场击败拜仁慕尼黑。

首轮拉科客场3-2击败拜仁慕尼黑，马凯上演帽子戏法。

第二轮，拉科队主场2-1击败拜仁慕尼黑。拉科队的维克托·桑切斯和马凯各进一球。

拉科队2002-03赛季欧冠决赛以小组第二阶段结束。马凯本赛季欧冠出场11次打进9球。本赛季西甲联赛，马凯出场38次打进29球，夺得西甲冠军。金靴，欧洲金靴。

2003-04 欧洲冠军联赛

马凯转会拜仁慕尼黑后，拉科队继续在欧冠赛场上茁壮成长。 1/8决赛，拉科主客场击败尤文图斯。当时的尤文图斯拥有特雷泽盖、德尔皮耶罗、内德维德等球星。

拉科鲁尼亚队在四分之一决赛中遇到了AC米兰队。首轮拉科队客场1-4不敌AC米兰。为拉科队攻入客场进球的是潘迪亚尼。

正当球迷普遍认为拉科晋级无望时，两周后的超级拉科震惊了整个足坛。第二轮，拉科队上半场连进三球，潘迪亚尼、贝莱隆和卢克分别进球。下半场，老将中场弗兰进球，最终比分4-0。拉科鲁尼亚实现大逆转并晋级前四。