在阿根廷人库珀执教期间，瓦伦西亚在1999-2000和2000-01赛季闯入欧冠决赛。继库珀之后，41岁的贝尼特斯于2001年夏天成为瓦伦西亚新任主帅。2000-01赛季，贝尼特斯执教西班牙乙级球队特内里费队。他带领球队进入决赛，在获得西甲第三名后成功晋级西甲。 2000-01赛季征战西班牙乙级联赛的特内里费队，有多名球员后来成为西班牙国脚：来自皇马青训的前锋米斯塔，以及从瓦伦西亚租借的右后卫库罗·托雷斯。路易斯·加西亚，从巴塞罗那租借而来。路易斯·加西亚在2000-01赛季的西班牙乙级联赛中攻入16球，是特内里费岛的最佳射手。几年后，路易斯·加西亚凭借在利物浦的出色表现成为西班牙国脚。

2001年夏天，瓦伦西亚的阵容进行了不小的调整：法国中场德尚退役，中场绝对主力门迭塔高价转会拉齐奥，斯洛文尼亚球星扎霍维奇被送到本菲卡。转会方面：新帅贝尼特斯将米斯塔带到了瓦伦西亚。右后卫库罗·托雷斯结束了租借，回到了瓦伦西亚。未来的西班牙球员马切纳是从本菲卡换来的。国家队主力中后卫从马拉加引进了中场球员鲁菲特，并签下了曾获得西甲和西甲金靴的前锋萨尔瓦。

2001-02赛季西甲联赛，瓦伦西亚、拉科鲁尼亚、皇家马德里、巴塞罗那都是西甲冠军的有力争夺者。最终瓦伦西亚以21胜12平5负积75分夺得西甲冠军。领先第二名拉科鲁尼亚队7分。 38轮联赛，瓦伦西亚仅失27球，是失球最少的球队。这要归功于瓦伦西亚强大的中场和后场，其中包括艾马尔、基利·冈萨雷斯和巴拉。 Ha、Albelda、Angulo、Rufete、Vicente 等明星；后防线上有西班牙国家门将卡尼萨雷斯，后卫卡尔博尼、佩莱格里诺、阿亚拉、安杰洛马、久基奇、马切纳、库罗托雷斯。

瓦伦西亚的进攻线并不犀利。 38轮联赛过后，只打进51球，三场比赛只打进3球。本赛季西甲射手榜上没有瓦伦西亚球员名列前茅。球队的头号得分手是中场球员巴拉哈。由于伤病困扰，巴拉哈本赛季只在西甲出场17次。打进7球。凭借这7个进球，他已经是瓦伦西亚队内进球数最多的球员。

2003-04赛季，贝尼特斯再次带领瓦伦西亚夺得西甲冠军。具体战绩为23胜8平7负积77分。与2001-02赛季夺冠时一样，瓦伦西亚本赛季38轮比赛仅丢27球。不同的是，球队本赛季在进攻端火力全开，38轮比赛打进71球。前锋米斯塔和边锋维森特本赛季大放异彩，两人都表现出了职业生涯的巅峰。其中，米斯塔在西甲联赛中已经打入19球，在西甲射手榜上排名第三。

除了赢得西甲联赛冠军外，瓦伦西亚还在2003-04赛季赢得了欧洲联盟杯冠军。在迪迪埃·德罗巴的带领下，球队在决赛中以2-0战胜了马赛。维森特和米斯塔各进1球。

贝尼特斯于2001年夏天上任，2004年夏天离开，他总共执教了瓦伦西亚3个赛季，带领球队赢得了3座重要奖杯：2座西甲冠军和1座欧洲联盟杯冠军。在贝尼特斯的执教生涯中，瓦伦西亚是非常重要的一站。正是由于在瓦伦西亚执教生涯的成功，贝尼特大师于2004年夏天成为了利物浦队的主帅。