全北现代以卫冕冠军的身份直接进入八强。其余28支球队仍分在西亚4个小组，其中科威特、卡塔尔、沙特阿拉伯、伊朗、乌兹别克斯坦、阿联酋和叙利亚各有两支球队。东亚地区，中国、日本、韩国、澳大利亚和印度尼西亚各有两支球队，越南和泰国各有一支球队。

2006年，山东鲁能夺得中超联赛冠军，创下多项纪录。鲁能与申花再次踏上亚冠征程。鲁能与城南义和、阿德莱德、越南隆安同组。鲁能征战澳大利亚第一场客场以1:0击败阿德莱德，第二场主场以2:1攻下城南一和，随后以4:0和3:2击败隆安，豪取4连胜。城南落后5分。鲁能本来有望重演2005年小组赛的胜利奇迹，但意想不到的事情发生了。第五场比赛，鲁能主场以2:2战平阿德莱德，领先3分，前往城南。结果，最后一战的城南一和以3:2战胜了精神崩溃的鲁能，城南凭借微弱的净胜球优势晋级。

上海申花与浦和红钻、悉尼FC、印度尼西亚佩斯克队同组。首场比赛申花主场1:2输给悉尼队，随后客场0:1不敌印尼队。第三场比赛，申花客场0:1输给浦和，在三连败后提前被淘汰。随后申花0:0追平浦和拿到一分，客场0:0战平悉尼。 5轮过后，本组出线形势十分复杂。佩斯克已经连胜申花和悉尼，战平浦和积7分后，仍有出线机会。浦和只领先悉尼一分，最后的战斗是一场直接战斗。最后一场比赛，申花队主场以633.36万的比分击败佩斯克，浇灭了对手出线的希望。浦和与悉尼0:0战平，出线困难。

另一支东亚球队包括川崎前锋、全南天龙、曼谷联队和印度尼西亚马兰队。日本队和韩国队都是首次参加这项比赛。结果，川崎3:1和3:0双杀全南，强势出线。西亚方面，阿尔希拉尔、阿维赫达、伊朗劲旅塞帕汉和上届亚军卡拉马获得小组第一，晋级八强。

八强赛首次没有中国队参赛。当然，直到恒大崛起之前，也没有出现过中超球队闯进八强的场面。城南队两度击败卡拉马队，卫冕冠军全北现代队也被浦和红钻队击败，阿维赫达两回合战平阿尔希拉尔并凭借客场进球数晋级半决赛，而川崎前锋队和塞帕汉队则两回合互胜。比分是0:0，塞帕汉通过加时赛晋级。

半决赛中，浦和队对阵城南岩队，展开了一场激烈的对决。第一轮战平2:2，来到城南后又打成2:2平。点球后，城南岩艰难被淘汰。半决赛的另一场西亚内战，塞帕汉以1胜1平进入决赛。决赛浦和客场1:1战平塞帕汉，回到主场以2:0获胜登顶！日本队首次夺得亚冠冠军！

2008:国安首秀，日本再次夺冠

2008年，即亚冠联赛改制前的最后一年，浦和红钻以卫冕冠军的身份直接进入八强，而28支球队仍沿用此前的分组方式。 2007年中超联赛，长春亚泰异军突起，爆冷夺冠。他们与亚军北京国安队一起首次亮相亚冠联赛。

北京国安与日本劲旅鹿岛鹿角、大京银行、越南南队决定分在一组。他们应该算是幸运之组，他们的直接对手是鹿岛鹿角。国安也在亚冠联赛中开启了抗日之旅。作为甲A时代的老牌强队，国安一直无法在亚洲赛场上证明自己，国人也对此役寄予厚望。首场比赛，国安客场以3:1击败南定，鹿岛则客场以9:1横扫泰王银行。第二轮，国安主场以4:2击败泰王银行，鹿岛以6:2击败南定。两轮战罢，国安落后鹿岛10个净胜球。当时，主帅李章洙强调要为鹿岛的胜负而战。第三轮，国安客场少一人，以0:1不敌鹿岛。他们回到主场以1:0击败对手，但失去了扩大比分的机会。第五轮，国安主场以3:1击败南定，而鹿岛则以8:1再次横扫泰王银行，此时国安已经落后鹿岛14球，出线几乎无望。上轮鹿岛以4:0击败南定，国安则客场崩盘，以3:5不敌泰王银行，结束首次亚冠之旅。鹿岛鹿角队打进28球，强势晋级。

长春亚泰与阿德莱德、浦项钢铁、越南平阳分在一组。亚泰首场击败平阳，第二场在澳大利亚以0:0战平阿德莱德，回到主场以1:0击败浦项制铁，客场又以2:2战平浦项，取得一胜一平的战绩。战平韩国队。他们晋级的希望很大。第五轮，亚泰以5:0横扫平阳，阿德莱德则对浦项取得双胜。此时，长春仍落后阿德莱德2分。遗憾的是，长春最后一轮主场战平对手，小组赛3胜3平。阿德莱德未尝败绩，表现强劲。

另一东亚组中，大阪钢巴与墨尔本胜利、全南天龙、春武里队分在一组。在日韩澳的绞杀中，大阪首场以1:1战平春武里，又在客场以4:3击败墨尔本和全南，并两次击败墨尔本，强势出线。

西亚方面，前冠军伊蒂哈德再次回归，但在小组赛中被乌兹别克斯坦对手本尤科压制。本纽科、卡达西加、卡拉马和塞布共同晋级四分之一决赛。

1/4决赛，阿德莱德主场击败鹿岛鹿角，战平鹿岛鹿角，晋级半决赛。大阪钢巴双杀卡拉马，浦和红钻战后以2:3个客场和2:0个主场击败卡达西亚，本纽科以总比分7:3淘汰塞贝尔。

半决赛中，日本组合也发生了内战。大阪钢巴主场1:1战平浦和，客场3:1击败对手。阿德莱德队两回合以3:1淘汰了本乌德科，澳大利亚队首次闯入。亚冠联赛决赛。决赛中，大阪队以5:0击败阿德莱德队，再次为日本队夺得冠军。